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西暦二二〇五年、歴史の改変を目論む歴史修正主義者によって、過去への攻撃が始まった。
時の政府により歴史の守護役を命じられた審神者(さにわ)は、かつての刀剣を目覚めさせた。
歴史修正主義者が送り込む、時間遡行軍と戦うために。人の形をとったそれらを、“刀剣男士"という。

天正十年六月二日 京・本能寺。
明智光秀が織田信長を襲撃した“本能寺の変"に、歴史改変の魔の手が迫っていた。
燃える寺から信長を逃がし歴史を変える、そんな時間遡行軍の計画は、刀剣男士たちの活躍により打ち砕かれた。
ところが、無事任務を終えて帰還した彼らに届いた「織田信長生存」の一報。
本来の歴史に戻すため、刀剣男士たちは織田信長暗殺を目的に再び過去へと出陣するのだった。
どうやって信長は生き延びていたのか、怪しい動きをする影、そして立て続けに歴史介入をしてくる時間遡行軍。彼らの本当の狙いに気付いた三日月宗近は…
正しい歴史とは何か。“守るべきもの"を守る戦いが、今始まる!