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世界最強軍団、影から参上!
世界最強の4兄弟が、仲間を守るため、世界を救うため、NYの街を飛び出し、今度は世界を舞台に暴れまわる!

タートルズの宿敵シュレッダー(ブライアン・ティー)は、マッドサイエンティストのバクスター・ストックマン博士(タイラー・ペリー)と、
マヌケな子分ビーバップ(ゲイリー・アンソニー・ウィリアムズ)とロックステディ(ステファン・〝シェイマス″・ファレリー)の協力で脱獄を果たし、再びNYを恐怖に陥れようとする。
タートルズたちはTVレポーターのエイプリル・オニール(ミーガン・フォックス)、そして新たな仲間、
ホッケーマスクをかぶったNY市警のケイシー・ジョーンズ(スティーヴン・アメル)らとともに悪事を阻止しようとするが、
彼らの前に立ちはだかるのはイノシシとサイのミュータントに変貌したビーバップ&ロックステディだった!
さらには異次元からきた新たな敵、悪の帝王クランゲの世界征服の野望も加わって、戦いの舞台はNYからブラジル、そして空中戦へともつれ込む!
そんな中、甲羅よりも強い絆で結ばれていたはずのタートルズに分裂の危機が…?! 最大のピンチを迎えたタートルズは世界を、そして仲間を救えるのか――?