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西暦10191年、宇宙は皇帝シャダム4世の支配下にあった。惑星アラキスは、不老不死の薬物メランジが生産される唯一の星であり、その覇権をめぐって皇帝は陰謀を画策していた。それを察知したスペース・ギルドのナビゲイターは、皇帝のもとを訪れ詰問する。皇帝は、声をを増幅させて物質を破壊する兵器“モジュール"を開発したレト・アトレイデス公爵をうとましく思い、一旦彼にアラキスを与えたうえで、公爵と敵対するハルコネン男爵をけしかけて失脚させようとしていた。だがナビゲイターは、公爵の息子ポール・アトレイデスこそが、自分たちを脅かす存在だと言い、暗殺を命じる。
アラキスに降り立った公爵家は、ハルコネン男爵が手配した軍団から襲撃を受け、母ジェシカとともに砂漠へと逃亡する。二人はアラキスの原住民であるフレーメンの集団に合流し、モジュールを与えて一大軍団を組織する。巨大なサンドウォーム(砂虫)を操り、ポールはハルコネン男爵の軍を次々と壊滅してゆく。やがてフレーメンに伝わる“命の水"を飲んで超人化したポールは、皇帝に最後の闘いを挑む。