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地球を支配するのは人類か恐竜か、それとも共存という夢はかなうのか？

〈ジュラシック・ワールド〉のあった島、イスラ・ヌブラルが火山の大噴火で壊滅、救出された恐竜たちは、世界中へと放たれてしまった。
あれから4年、人類はいまだ恐竜との安全な共生の道を見出せずにいる。恐竜の保護活動を続けるオーウェン（クリス・プラット）とクレア（ブライス・ダラス・ハワード）は、人里離れた山小屋で暮らしていた。そこで二人が守っているのは、14歳になったメイジー（イザベラ・サーモン）、ジュラシック・パーク創設に協力したロックウッドの亡き娘から作られたクローンの少女だ。
ある日、オーウェンは子供を連れたブルーと再会する。ところが、何者かによって、ブルーの子供が誘拐される。オーウェンはブルーに「俺が取り戻してやる」と約束し、クレアと共に救出へ向かう。
一方、サトラー博士（ローラ・ダーン）は、世界各地から恐竜を集めて研究をしているバイオテクノロジー企業の巨人バイオシンをある目的から追っていた。そこへグラント博士（サム・ニール）も駆けつけ、マルコム博士（ジェフ・ゴールドブラム）に協力を求める。
人類と恐竜の共存の前に立ちはだかる、バイオシンの恐るべき計画とはー？