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巨匠ジョン・カーペンター製作総指揮!アメリカ軍最高機密フィラデルフィア計画をテーマに描いたSF大作！

第二次世界大戦下の1943年。米海軍は駆逐艦エルドリッジを使い、ロングストリート博士が提唱する極秘実験を行おうおとしていた。水兵のデヴィッドとジムが装置を作動させると、エルドリッジ艦が突如消えた。しばらく後に艦は現れたが、デヴィッドとジムはタイムスリップし、1984年のネバダ州に飛ばされていた。あてもなくさまよう二人は、ダイナーに到着する。突然ジムの手が赤く光り、客たちが騒ぎ出した。彼らは、居合わせたアリソンを人質にして逃げ出した。ジムを病院に連れてゆくが、彼は発光体となって消えてゆく。一方、ネバダ砂漠では、ロングストリート博士が41年前と同じ実験を進めていた。だが実験のエネルギーが時空を狂わせ、異常気象が発生しはじめていた。デヴィッドたちが41年前の実験で、現代にタイムスリップしたことを知った軍は、秘密保持のために彼らを捕えようとする。デヴィッドとアリソンは軍の追跡をかわし、デヴィッドの故郷へと向かった。そこで二人は、年老いたジムに出会う。彼は発光体となった後、元の時代へ戻っていたのだ。デヴィッドとアリソンは、実験場であるドライウェルズ基地へ乗り込む。実験の影響で空に発生した時空のゆがみは、地上のすべてを飲み込みはじめていた。このままでは地球が壊滅すると、ロングストリートは説明した。時空のゆがみを取り除くには、エルドリッジ号にもどり、実験装置を止める必要があった。それができるのは、エルドリッジ艦と同じ時代の人間であるデイヴィッドだけだった。彼はアリソンに別れを告げ、ひとり渦の中に向かう。